Il existe différentes théories concernant la cause de l’ESB ainsi qu'à propos de l’agent de la maladie. Selon une théorie, l’agent consiste en « prions transmissibles ». « Prion » est en fait le terme génétique pour différentes protéines naturellement présentes principalement dans le cerveau, mais aussi dans beaucoup d’autres tissus, du corps humain et animal. Les prions « transmissibles » sont des prions qui ont changé ou ont été déformés d’une certaine façon pour qu'ils soient capables d’interagir avec d’autres prions normaux et provoquer leur conversion en prions transmissibles, principalement dans le cerveau et le système nerveux central. Plusieurs autres facteurs sont susceptibles d'influencer si les prions normaux se changent ou non en prions transmissibles et les recherches dans ce domaine sont toujours en cours.